Główna Biblioteka Lekarska prowadzi gospodarkę finansową na zasadach określonych w art. 27, 28, 29 ustawy z dnia 25 października 1991 r. o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej (Dz.U. z 1997 r. Nr 110, poz. 721, Nr 141, poz. 943, z 1998 r. Nr 106, poz. 668, z 1999 r. Nr 101, poz. 1178 oraz z 2000 r. Nr 12, poz. 136) z późniejszymi zmianami.

GBL otrzymuje dotację z budżetu na pokrycie kosztów działalności oraz inwestycji, korzysta z wpływów uzyskanych z własnej działalności usługowej i gospodarczej, a także może otrzymywać środki od osób fizycznych i prawnych oraz z innych źródeł.